Недавно столкнулся с такой проблемой - если на вашем сайте стоит Сапа, или что-то подобное, то случайное удаление из корня сайта папки с их скриптами, может повлечь сбои в работе всего движка.
На днях я случайно удалил саповскую папку (блок с ссылками при этом был включен) и у меня перестал грузиться сайт, выдавал ошибку PHP include.
Данную проблему я решил редактированием через phpmyadmin базы данных движка - в ней есть таблица boxes - в ней все блоки и их содержимое. Просто стираем код блока, отвечающего за вывод ссылок.